Михаил Николаевич Микишатьев родился 10 апреля 1945 года в Ленинграде, в семье инженеров-строителей.
Занимался в студии скульптуры во Дворце пионеров, окончил 190 школу при Ленинградском высшем Художественно-промышленном училище им. В. Мухиной (Училище Штиглица).
В 1964 году поступил на архитектурный факультет Ленинградского Института живописи, скульптуры и архитектуры им. И. Е. Репина (Академии художеств). В Академии увлёкся исследовательской работой в области истории архитектуры. Еще будучи студентом, участвовал как архитектор в реставрации Дома Троекурова в Петербурге, которая была завершена в 1969 году.
В 1970 году, после окончания института, был направлен в Ленинградский филиал ГИПРОТЕАТРа, в архитектурно-реставрационную мастерскую В. С. Баниге. Среди объектов реставрации — Ансамбль Марли в Петергофе, Гульбище-сени (концертный зал) в Ростовском кремле, Сампсониевский собор в Петербурге. Параллельно с проектной продолжал научную работу. В 1970-х годах обратился и к художественной критике. Первые публикации — статьи в газете «Смена».
В 1974 году перешел на преподавательскую работу на кафедру истории и теории архитектуры ЛИСИ. Однако через 10 лет педагогическую работу в ЛИСИ пришлось оставить. За время пребывания на кафедре окончил аспирантуру.
Работал в ряде научных организаций, занимаясь исследованиями в области истории градостроительства Петербурга и городов северо-запада России, а также изучением истории строительства отдельных зданий, инвентаризацией исторически ценной застройки, работой над историческими справками. Список научных трудов (опубликованных статей и книг, без учета многочисленных исторических справок, сообщений и радиопередач) насчитывает более 200.
На протяжении всего трудового пути не оставлял творческую работу в области живописи и графики, художественной фотографии. Выполненными им фотографиями иллюстрированы собственные статьи и издания других авторов. Летом 2005 года в ГМЗ «Ростовский кремль» прошла персональная выставка акварели и графических работ, приуроченная к шестидесятилетию автора.
Параллельно преподавал в Балтийском международном Институте иностранных языков и права, на факультете графического дизайна, в Гуманитарном университете Профсоюзов и в С.-Петербургском университете культуры (на искусствоведческих кафедрах). Долгое время — на факультете теории и истории искусств Академического ИЖСА им. И. Е. Репина (кафедра Теории и истории архитектуры ). Популяризаторскую работу в области истории культуры вел в периодических изданиях, на Санкт-Петербургском радио, где участвовал в качестве одного из экспертов в передачах «Исторического клуба», в радиоцикле В. М. Бузинова «Прогулки по Петербургу» (в последние годы — на «Радио России: Санкт-Петербург», в том числе — в циклических передачах «Городской наблюдатель» и «Ветер в окно»), на телевидении в информационных передачах З. Ю. Курбатовой (Россия 1 СПб), неоднократно на каналах «Россия К», «Канал 100», «5 канал», «ВОТ».
Автор двух книг, пользующихся успехом у читателей — «От Дворцовой до Фонтанки. Прогулки по Центральному району» и «Вокруг Литейного. Прогулки по Литейной части».