Не случайно именно здесь в 1300 году была сооружена шведская крепость Ландскрона. Шведское войско во главе с Тергильсом Кнутсоном соорудило на мысу мощную крепость. Весной следующего, 1301 года великий князь Андрей Александрович появился у её стен. «Град взят бысть, овых избиша и исекоша, а иных извязавше поведоша с города, а град запалиша и розгребоша», — сообщает летопись. Вскоре после этого русские осваивают земли в устье реки Охты. В 1500 году здесь были три деревни и сельцо, населённое не только крестьянами, но и торговыми людьми. В XVI веке формируется торговое поселение Невское устье, где была церковь Михаила Архангела, тут же корабельная пристань, государев гостиный двор. Известно, что в 1615 году это место посетили 16 судов из Выборга, Ревеля, Нарвы, Новгорода, Норчепинга, Стокгольма, Голландии, Ладоги и Ивангорода.
Во время Русско-шведской войны в 1611 году по приказу шведского короля Карла IX в устье Охты была сооружена крепость Ниеншанц. Шесть лет спустя земли были закреплены за Швецией Столбовским миром. Первые привилегии на основание здесь города Ниена были подписаны королем Густавом II Адольфом только в 1632 году. А в течение последующих десяти лет его дочь королева Кристина пожаловала Ниену полные городские права. Жители нового города — шведы, немцы, русские и финны — занимались торговлей, ремёслами, земледелием, рыболовством и судовождением.
В течение XVII столетия Ниеншанц неоднократно перестраивался и укреплялся. На мысу между Невой и Охтой располагался земляной замок с пятью бастионами — в форме звезды и двумя воротными равелинами. Главные ворота выходили к Охте, мост через которую связывал крепость с центром города. Город размещался на противоположном — правом берегу Охты. В центре, в окружении усадеб знатных горожан, располагались: ратуша, шведская и немецкая церкви, школа, порт и торговая площадь. Застройка формировалась вдоль рек Охты и Чёрной (засыпана в начале ХХ века), а также дорог, ведущих к Выборгу, Кексгольму и Нотеборгу. На окраине города имелись земледельческие угодья, среди которых возвышались ветряные мельницы.
Вся эта территория была окружена лесами и болотами. На освоенных островках земли, в окрестностях города располагались: госпиталь, кирпичные заводы и мануфактуры, связанные с судостроением. На противоположном берегу Невы, в районе современного Смольного монастыря, находилось городское предместье — Спасское село с православной церковью, населённое русскими и ижорцами. Оно сообщалось с Ниеном паромной переправой.
Город в устье Охты прекратил своё существование в начале Северной войны. В октябре 1702 года, после падения Нотеборга, шведское командование, напуганное приближением русских войск, решает эвакуировать население Ниена, сам же неукреплённый город, по словам очевидца, был «превращён в пепел». Но только полгода спустя, 25 апреля 1703 года двадцатитысячный корпус русских войск под командованием Петра Первого и фельдмаршала Б. Шереметева начал штурм Ниеншанца, который защищал гарнизон всего из 600 человек. После массированной бомбардировки, продолжавшейся 10 часов, шведы приняли решение о капитуляции. 1 мая комендант Яков Аполлов, потомок русских дворян, перешедших на службу шведского короля, сдал крепость.
Ниеншанц был переименован Петром Первым в Шлотбург. Здесь же, на военном совете, было принято решение строить новую крепость ближе к устью Невы. Так многовековой процесс развития городского центра в устье Охты был в одночасье прерван. Новый город вырос на островах невской дельты, а Охта на многие годы стала его окраиной.
По описанию ганноверского посланника Ф.-Х. Вебера, к 1714 году от Ниеншанца уже не осталось ни камня, а развалины города послужили материалом для строительства новой столицы. Он уже не нашёл здесь даже следа былых зданий и сооружений, кроме крепостного рва, колодцев и погребов. Однако уже в 1717—1718 годах по берегу Невы были поставлены ветряные мельницы, а на месте руин крепости был создан питомник для обеспечения новых садов и парков Петербурга саженцами деревьев, кустарников и цветами. На правом берегу Охты разместилась Матросская слобода с пильными мельницами, канатным заводом, амбаром для судового такелажа и казармами для мастеровых людей. В 1718 году территория Охты была включена в состав Выборгской части Санкт-Петербурга, однако в 1782 году она вновь стала пригородной слободой.
В 1720—1721 годах по указу Петра на Охте по берегу Невы было построено «500 изб с сеньми» для вольных плотников, переселённых сюда вместе с семьями из Вологодской, Архангельской и Ярославской губерний. Переведенцы получали по половине дома и огород на каждую семью. Они были освобождены от податей и приписаны к Партикулярной верфи, где зарабатывали себе на жизнь судостроительным ремеслом. На самой Охте также строились небольшие суда — шхерботы. В слободах на берегу Невы имелись лавки со съестными припасами, бани, кабаки.
В 1722—1725 годах в Охтинских слободах была построена церковь, посвящённая Святому Иосифу Древоделу, покровителю плотников. В 1731 году появилась каменная церковь Святой Троицы, а вскоре рядом с ней и храм Покрова Пресвятой Богородицы. В 1844 году вблизи места разобранной Троицкой церкви была освящена новая церковь Святого Духа. К 1775-му и 1781 годам относится освящение каменных храмов Георгия Победоносца и Марии Магдалины на кладбищах Большой и Малой Охты.
В 1784 году в Охтинских слободах проживало 751 человек мужского пола, в 1811 году уже 1511. А в 1862 году общее количество жителей Большой Охты составило 8642 человека.
Путешественник И.-Г. Георги в конце XVIII века писал, что эта слобода «имеет, за исключением нескольких каменных, деревянные крестьянские домы, составляющие прямые улицы, и две каменные церкви. Нынешние её жители суть рабочие Адмиралтейства, плотники, токари, столяры, красильщики и прочие... Слобода не имеет пашней, но большое пажитное место; тем соделывается продажа молока в Санкт-Петербурге прибыточным промыслом баб...».
В 1828 году Охта вновь была включена в состав Петербурга в качестве XIII части. Ещё лет за двадцать до этого к Морскому ведомству перешли земли на мысу в устье Охты. В 1809-1814 годах здесь под руководством англичанина В.Ф. Стоке возвели пять эллингов для строительства судов. Здесь же в 1811 году в присутствии Александра Первого спустили на воду первое судно — шхуну «Стрела», а позднее был построен 74-пушечный корабль «Финланд». Вскоре верфи пожаловали статус Адмиралтейства. До 1864 года здесь спустили на воду 9 линейных кораблей, 28 фрегатов, 11 корветов, 17 бригов, 3 люгера и 101 судно меньших классов. На верфи работали известные кораблестроители А. Попов и И. Амосов, построенные ими корабли вошли в историю русского мореплавания и великих географических открытий. Среди наиболее знаменитых судов: шлюп «Камчатка», на котором В. Головнин совершил кругосветное плавание, шлюп «Восток», флагман русской экспедиции, открывшей Антарктиду, фрегат «Паллада», увековеченный в одноимённом романе И. Гончарова, 74-пушечный линейный корабль «Александр Невский», прославившийся в Средиземноморской кампании против Турции, первый русский винтовой фрегат «Архимед» и другие.
В ХХ веке облик этих мест значительно изменил Большеохтинский мост, получивший имя Петра Великого. Его соорудили в 1908-1911 годах по проекту Г. Кривошеина и В. Апышкова. К окончанию строительства моста приурочили открытие бронзового бюста Петра Первого, выполненного И. Гинцбургом на средства охтинского пригородного общества. «Петру I-му — благодарные охтяне» — было выбито на постаменте. Разрушенный после революции памятник восстановили в 2003 году.
До середины XX века Охта представляла собой пригород, застроенный небольшими, чаще деревянными домами. Одна из местных достопримечательностей — возведённое около 1828 года здание Съезжей части, объединявшей полицейский участок и пожарную команду с высокой башней-каланчой.
С начала 1930-х годов исторический облик Охты претерпел значительные перемены — были снесены церкви Святого Духа, Покровская, Георгиевская, а также несколько часовен. А ещё в начале века на верфи разобрали выходившие на Неву старые деревянные эллинги. С 1931 года на верфи, получившей название Петрозавод, строились буксиры, пассажирские теплоходы, плавмастерские, а в годы войны — тральщики, тендера, плашкоуты. Современная малоэтажная застройка Охты начала складываться в 1940-1950-е. В 1960-1962 годах образовалась Красногвардейская площадь, носившая одно время имя Л. Брежнева. Затем сформировался ансамбль Свердловской набережной, а в 1984-м устроена гранитная набережная Невы и переброшен мост через Охту, что завершило создание автомагистрали по правому берегу Невы.
Петрозавод окончательно закрыли только в годы перестройки. В первый день празднования 300-летия Петербурга здесь появился новый музей — «700 лет — Ландскрона, Невское устье, Ниеншанц». Создали его учёные из Северо-Западного института наследия, а также Института истории материальной культуры РАН, поддержанные местными охтинскими меценатами. Он стал первым в городе историко-археологическим музеем.
