При этом самец и самка заметно отличаются друг от друга. Более крупная самка имеет однотонно-бурую окраску, с заметной жёлтой шапочкой на голове. Отсутствие белого надхвостья хорошо отличает её от самок светлых, «седых» луней: лугового, полевого и степного. Большинство самок болотного луня имеет ещё жёлтое пятно на горле, такого же цвета, как и шапочка на темени, но это признак не обязательный, встречаются самки и без светлого горлового пятна. Также не всегда бывает видна узкая светлая полоса по наружной кромке крыла, такого же блекло-жёлтого цвета, как и шапочка на голове. Окраска более мелкого самца ярче и разнообразнее по цветовой гамме, включающей чёрные, светло-серые, иногда почти совершенно белые и буровато-рыжие участки. Самец луня сверху бурый, с более светлой охристой головой и шеей. Средняя часть крыла и хвост серебристо-серые, концы крыльев чёрные; низ рыжевато-охристый, с тёмными полосками.
Болотный лунь распространён на Северо-Западе России крайне неравномерно. Это связано с ограниченностью и неравномерностью распределения мест, пригодных для его гнездования, — обширных тростниковых займищ, примыкающих к водоёмам, богатым кормом. В Ленинградской области болотный лунь регулярно выводит птенцов на Раковых озёрах, причём гнездование его известно там с 1907 года, на озере Кирилловском, в северо-западной части озера Глубокого, на озере Волоярви, а также по системе озёр Вуоксы.
На западном побережье Ладожского озера — на территории Сосновского лесоохотничьего хозяйства и в районе мыса Резной; а также на юго-востоке Ладоги, в Лужской и Копорской губах Финского залива, на Нарвском и Кременецком водохранилищах, на берегах реки Волхов, на Верхне-Свирском водохранилище, в Загубском заливе. Всего по области, по подсчётам специалистов, обитает около сотни луней.
Птица эта перелётная. В дальние странствия отправляется не стаями, а в одиночку или парами. Весной прилетает в наши края сразу же после разлива крупных рек. Самый ранний срок прилёта был зафиксирован 22 марта, но обычное время — апрель. В середине мая обычно откладывает яйца, в июне появляются птенцы, а к концу июля они уже покидают гнёзда. Располагают болотные луни свои гнёзда среди тростниковых зарослей, — это довольно крупные сооружения, построенные из прошлогоднего тростника. Диаметр их около метра, высота — полметра. Густые заросли, обилие сплавин, вязкий грунт, всё это чрезвычайно затрудняет доступ к гнезду. Основу пищи в гнездовой период составляют водяные полёвки, реже — ондатра и ещё реже — молодые утки, кулики, погоныши и некоторые воробьиные.
Камнем падая на добычу, болотный лунь выбрасывает вперёд длинные лапы, напоминающие о том, что в эволюционном плане хищные птицы близки к аистообразным. Лунь никогда не догоняет вспугнутую жертву и, если не схватил её сразу же с земли или с воды, не пытается преследовать спасающееся бегством животное. Его главный охотничий манёвр — неожиданный удар сверху. Взяв добычу, лунь некоторое время сидит на ней, перехватывая лапами, стараясь загнать когти поглубже, чтобы они надёжно повредили внутренние органы и поскорее умертвили добытое животное. Через пару минут птица взлетает, держа в когтях обмякшую жертву и, так же, не поднимаясь высоко, летит над верхушками трав и тростников к своему гнезду. Там охотник-самец передаёт корм самке, причём в полёте.
Самка, увидев подлетевшего к гнезду самца, вылетает навстречу. Самец поднимается чуть выше и бросает добычу, когда самка находится к нему достаточно близко. Но делает это он лишь тогда, когда самка находится несколько ниже его. Самка стремительно переворачивается в полёте на спину, и, выбросив вверх лапы, хватает падающего зверька или птицу. Чаще всего передача бывает почти из лап в лапы, то есть жертва падает совсем недолго, но в некоторых случаях, когда самец бросает добычу немного раньше, чем самка подлетит к нему вплотную, она ловит её почти над самой землей, в этом случае не переворачиваясь на спину. Затем, сделав полукруг над гнездом, самка садится либо прямо в гнездо, либо где-то неподалёку. На гнезде она кормит птенцов, разрывая добычу клювом.
Болотные луни отличаются привязанностью к своему гнездовому участку, часто — многолетней. Место гнезда из года в год сохраняется не только на одном и том же участке озера, но и практически в одном и том же месте, почти всегда в тех же самых локальных условиях. В случае гибели самца, оставшаяся в одиночестве самка находит себе нового партнёра и привлекает его на свой участок. То же самое происходит и в случае гибели самки. Таким образом, птицы в составе пары меняются, а гнездовой участок сохраняется постоянно. Конфликты с соседями, в первую очередь с луговыми лунями, у болотных луней нередки, но всегда завершаются победой болотных — они крупнее и сильнее.
Отлёт местных болотных луней на зимовку происходит во второй половине августа — начале сентября. Пролётные птицы встречаются в наших краях в сентябре — первой половине октября.
